Parfois, accidentellement, la production du coton est gravement préjudiciable à la nature :
- Le cotonnier est sujet à de nombreuses maladies virales, bactériennes, cryptogamiques, ainsi qu’aux attaques des insectes et acariens. Il s’en suit un usage intensif de pesticides.
- Sa culture comporte l’usage d’engrais.
- L’irrigation des cultures entraîne une forte consommation d’eau pouvant ruiner toute une région comme ce fut le cas lors de l’assèchement de la mer d’Aral.

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